12 декабря 2012 года Евгений Ваганов избран председателем Совета ректоров Красноярского края. За его кандидатуру проголосовали единогласно все члены Совета.
В ходе обсуждения было отмечено, что избрание на этот пост человека, возглавляющего федеральный университет и одновременно ведущий вуз края, академика Российской академии наук должно послужить развитию всей высшей школы региона в целом.
Евгений Ваганов поблагодарил собравшихся за оказанное доверие и обозначил свое видение деятельности Совета ректоров на ближайшее время. По его мнению, Совет ректоров должен сосредоточиться на трёх-четырёх стратегических задачах, первой из которых Евгений Александрович назвал продвижение региональных технологических платформ: «Уверен, что это одно из тех направлений, где концентрация усилий Совета ректоров может сыграть ключевую роль, в частности, в формировании инновационной среды Красноярского края».
Кроме того, Совет ректоров в составе Сибирского научно-образовательного консорциума может выступить серьёзным экспертным сообществом для формирования конкретных решений в интересах края. И, наконец, важная задача, где требуется объединение усилий вузов, — продвижение заявки на проведение Всемирной Универсиады-2019, а потом и активное участие в этом крупнейшем студенческом спортивном состязании.